La FSU se développe aussi dans la Fonction publique territoriale. La FSU « Territoriale » (le SNUTER-FSU) est notamment, la première organisation, majoritaire, au sein des personnels du Conseil départemental de Vaucluse et du Conseil régional PACA.
Elle est reconnue pour son efficacité par les agents. Dans les collectivités, là aussi, elle se bat pour les défendre, face aux restrictions budgétaires et aux « réorganisations » de services, pour améliorer les conditions de travail et les salaires.